Ættfræðifélagið var stofnað 22. febrúar 1945 í Lestrarsal Landsbókasafns Íslands. Þann dag komu þar saman 40 manns til að ræða um stofnun „félagsskapar um mannfræði“, eins og segir í elstu fundargerðabók félagsins. Pétur Zophoníasson ættfræðingur hafði orð fyrir hópnum og Einar Bjarnason, síðar prófessor í ættfræði við Háskóla Íslands ritaði fundargerð. Stofnun félagsins var samþykkt og á framhaldsstofnfundi voru þessir menn kjörnir í fyrstu stjórn félagsins: Pétur Zophaníasson (1879–1946) formaður, Einar Bjarnason (1907-1982) ritari og Þorvaldur Eyjólfsson Kolbeins (1906-1959) gjaldkeri.
Helstu hvatamenn að stofnun félagsins voru Pétur Zophaníasson ættfræðingur og Indriði Indriðason (1908-2008), einkum mun Pétur hafa beitt sér mjög fyrir félagsstofnuninni. Því miður naut Péturs ekki lengi við en hann andaðist 21. febrúar 1947, réttu ári eftir stofnun félagsins.
Þegar Pétur lést var Guðni Jónsson kosinn formaður og sama ár var ráðist í útgáfu manntalsins 1816. Útgáfa manntalsins var mjög tímafrek. Það kom út í sex heftum á árunum 1947-1974. Á þeim tíma sat annað félagsstarf á hakanum og lagðist að lokum út af. Síðan svaf Ættfræðifélagið Þyrnirósusvefni í rúman áratug eða fram til ársins 1972 því enginn kunni við að taka félagið úr höndum slíks ágætismanns sem Guðni Jónsson var. Hann sat þó ekki auðum höndum því á átta árum lét hann frá sér sex bækur, auk manntalsins 1816.
Ættfræðifélagið var endurvakið 18. febrúar 1972 og Indriði Indriðason kosinn formaður þess.
Síðan hefur Ættfræðifélagið starfað óslitið, haldið félagsfundi mánaðarlega yfir vetrarmánuðina og gefið út fréttabréf. Auk þess hefur félagið haft svo kallað „Opið hús“ vikulega yfir vetrarmánuðina í húsnæði félagsins hverju sinni, þar sem hægt er að koma saman, spjalla og bera saman bækur sínar. Þannig veitir hver öðrum upplýsingar og ráð. Í mörg ár stóð félagið fyrir sumarferðum út á land. Þær voru mjög vinsælar enda hafði félagið ávallt á að skipa kunnugum og fróðum heimamönnum hvert sem haldið var. Þessar sumarferðir lögðust því miður af vegna áhugaleysis fyrir nokkrum árum.
Útgáfustarfsemi félagsins hefur verið mikil og ómetanleg öllum þeim sem ættfræði unna. Auk manntalsins 1816 hefur Ættfræðifélagið gefið út manntölin 1801 og 1845 og af manntalinu 1910 eru komin út sex bindi, en ekki eru miklar líkur á að framhald verði á þeirri útgáfu að óbreyttum fjárhag félagsins.
Félagið hefur haft yfir að ráða húsnæði undanfarna tvo áratugi, nú í Ármúla 19 á 2. hæð. Þar eru haldnir stjórnarfundir og „Opið hús“ og þar er einnig bókalager félagsins og bókasafn, sem stendur öllum félögum til boða þegar opið er. Félagsfundirnir voru mjög vel sóttir framan af og ótal fyrirlesarar hafa flutt þar erindi sem síðan hafa gjarnan birst í Fréttabréfinu. Margir félagsmenn í Ættfræðifélaginu eru búsettir úti á landi og eiga þess ekki kost að sækja fundina, en geta þá lesið erindin í Fréttabréfinu. Í ráði er að birta meira af slíku efni á vef félagsins og auka þannig þjónustu við félagsmenn í hinum dreifðu byggðum landsins.
Eftir að Íslendingabók var opnuð almenningi minnkaði áhugi manna á að taka þátt í starfsemi Ættfræðifélagsins og virðist eins og menn láti sér nú orðið nægja að rekja saman ættir sínar þar. Annar ættarfróðleikur virðist skipta minna máli. Við það hefur félögum í Ættfræðifélaginu fækkað og einnig fundargestum á almennum félagsfundum. Þar með hefur efnahagur félagsins versnað til muna og útgáfa manntalanna dregist saman þar sem erfitt hefur reynst að selja manntölin. Fréttabréfið hefur þó haldið velli og kemur út fjórum sinnum á ári.
Netnotkun gerir þeim sem eru tölvuvæddir auðveldara um aðgengi að gögnum og þar með sækir fólk minna í að nálgast fróðleik hjá þeim aragrúa félagsmanna sem búa yfir þekkingu á flestum sviðum ættfræðinnar, sögum og sögnum sem oft er hvergi er að finna nema hjá þeim.
Ættfræðifélagið er öllum opið og þar er að finna umtalsverðan fróðleik um ættfræði og persónusögu, bæði í bókakosti félagsins og fréttabréfum, en ekki síður í reynslu og þekkingu félagsmanna.
Framtíð Ættfræðifélagsins stendur og fellur með áhuga félagsmanna á að halda starfseminni gangandi. Í stjórn félagsins ríkir bjartsýni og trú á framtíð þess.
Formenn Ættfræðifélagsins
- Pétur Zophaníasson (1879-1946) 1945-1946.
- Guðni Jónsson (1901-1974) 1946-1972.
- Indriði Indriðason (1908-2008) 1972-1975.
- Ólafur Þ. Kristjánsson (1903-1981) 1975-1982.
- Jón Gíslason (1917-1995) 1982-1989.
- Jón Valur Jensson (1949-2020) 1989-1991.
- Hólmfríður Gísladóttir (1935- ) 1991-1999.
- Halldór Halldórsson (1949- ) 1999-2000.
- Ólafur Óskarsson (1933-2011) 2000-2004.
- Eiríkur Þ. Einarsson (1950- ) 2004-2008.
- Anna Guðrún Hafsteinsdóttir (1945-2022 ) 2008-2012.
- Anna K. Kristjánsdóttir (1951- ) 2012-2014.
- Guðjón Ragnar Jónasson (1974- ) 2014-2017.
- Benedikt Jónsson (1951- ) 2017- 2021.
- Eiríkur Þ. Einarsson (1950- ) 2021- .
